クロマチン プロファイリング サービス

低価格で優れたChIP-seqデータを入手 

プロモーション対象は以下の通りです：

プロジェクトについて教えてください

• プロモーションサービスパッケージ内容
  • Shearing optimization (two shearing conditions tested)
  • Chromatin immunoprecipitation
  • Validation by qPCR on a positive and a negative control region
  • Library preparation on ChIP sample and input
  • Sequencing (average of 30-50M raw reads, SE50 on Illumina HiSeq3000/4000)
  • Bioinformatic analysis including:
    • QC of raw reads with trimming and filtering if necessary
    • Filtering of black-listed regions
    • Alignment of quality filtered reads to reference genome
    • Removal of multimapping reads and PCR duplicates to provide uniquely aligned reads
    • Peak calling that identifies the regions with enrichment in the IP sample normalized to the input

ATAC-seq: closed/open chromatin regions

全ゲノムにおけるクロマチンのアクセシビリティを研究。 オープンクロマチン部位、プロモーター、エンハンサー、及びインシュレーターなどの活性調節エレメントを同定します。

• ヌクレオソームの位置付け
• TFフットプリント推論

細胞数10,000個でのChIP-seq/ChIP-qPCR ヒストン修飾

ヒストン翻訳後修飾は、遺伝子発現の調節に関与し、（活性プロモーターおよびエンハンサー分析のような）制御エレメント及びそれらの相互作用タンパク質の研究を必要とします。 転写調節を理解するためにChIP-seq解析によるゲノム全体のヒストン修飾のプロファイリングします。

• 活性プロモータープロファイリング: H3K4me3濃縮
• 不活性プロモータープロファイリング: H3K27me3濃縮
• エンハンサープロファイリング: 制御領域におけるH3K4me1およびH3K27acの濃縮
• 活性遺伝子本体: H3K36me3

ChIP-seq/ChIP-qPCR 転写因子

多数の転写因子のChIP-seq解析による転写因子結合の影響を調べる：

• CTCF: 転写リプレッサー及びインシュレーター活性
• p300/CBP: ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
• Pol II、p53など
• エピジェネティクスwriters, readers, erasers
• 核レセプター
• 腫瘍サプレッサー遺伝子

カステムNGSサービス

• ピコグラムからの低インプットライブラリー
• 特定の解析
• 完全にカスタマイズされたプロジェクト