Diagenode

NGSライブラリー調製

RNA-seqのライブラリー作製

Diagenodeの新しいRNAシークエンシングソリューションは、革新的な「テーリングとスイッチによる捕捉と増幅」(CATS)を利用し,RNAの低入力量から次世代シークエンシングのためのDNAライブラリーを作製するライゲーションフリーの方法です。

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    CATSは、核酸の3 '末端を捕捉するポリヌクレオチドテーリングおよびcDNA合成のための5'末端を捕捉するMMLV-RTのテンプレートスイッチング能力に依存します。

    Diagenodeキットはわずか数時間で10pgという低いRNA入力からIlluminaに互換のready-to-sequenceライブラリーを生成します。 ライブラリーは、起点の鎖特異性を保持します。他社製品とは異なり、当社のCATS RNA-seqキットはライゲーションに基づく方法と比較してより高いライブラリー効率を示します。 CATS法は、より多くの非コードRNAの正確な同定を可能にするだけでなく、より良好な鋳型捕捉からより高い複雑性、低い増幅要件から最小バイアスを提供します。

  • さまざまな転写産物の検出

  • 10pgまでの超低入力で優れた再現性

  • 複雑なサンプルにも優れたパフォーマンス

時間短縮、優れた再生性をもっとシンプルにできるCATS mRNA-seqについて更に詳しくはこちら

血しょう由来低分子RNAサンプルにおけるCATS small RNA-seqに関してのお客様の声はこちら

Excellent performance on challenging samples

Heatmap clustering of the top 50 differentially expressed microRNAs(miRNAs) after library preparation:

  • CATS Small RNA-seq Kit on 1 ng exosomal RNA (Exosome sample 1, 2)
  • CATS RNA-seq Kit on 1 ng total RNA from parent (HEK293T) cells (Cell sample 1, 2).

Prior library preparation, exosomes were isolated with Diagenode exosome capture solutions Exosomes

Unique miRNA (>1 copy) detected in circulating plasma RNA

Transcripts detected in miRNA samples of CATS small RNA-seq Kit vs Competitor Kit.
TPM >1 and TPM>10

Input: 1 ng circulating small RNA in plasma samples.
PCR cycles: CATS 14x vs Competitor 21x. Final library yield: CATS 27 ng vs Competitor 1.2 ng.

More miRNA transcripts detected from challenging samples

Transcripts detected in miRNA samples of CATS small RNA-seq Kit vs Competitor Kit.

Input: 1 ng circulating small RNA in plasma samples.
PCR cycles: CATS 14x vs Competitor 21x. Final library yield: CATS 27 ng vs Competitor 1.2 ng.

Ultra low inputs, few PCR cycles

Representation of the library preparation yield according to different methods (CATS small RNA-seq Kit vs NEBNext UltraI kit) for 100 ng total RNA. Number of PCR cycles applied following manufacturer’s instructions.

Consistency across template switching techniques

Comparison of the number of detected small non-coding RNAs CATS small RNA-seq Kit vs SMARTer
Input: 100 pg isolated small RNA. TPM ≥2. Transcripts taken into consideration: miRNA, piRNA, scRNA, scaRNA, snoRNA, snRNA and vaultRNA. 1,217 transcripts found in both libraries at this expression level.

CATS saves time

Very reproducible library preparation method

Transcripts detected in two technical replicates of CATS v2 total RNA-seq libraries. TPM≥2
Input: 1 ng rRNA(-) RNA from human universal total RNA (Agilent, 740000).

Broad overview of the transcriptome

Biotypes* represented in the libraries CATS v2 mRNA-seq Kit vs NEBNext Ultra I directional RNA-seq Kit. TPM ≥2.
Input: 1 ng, 10 ng poly(A) RNA from human universal total RNA (Agilent, 740000). * < 0.04% of total detected transcripts at this threshold is rRNA

More transcripts detected

Biotypes* represented in the libraries CATS v2 total RNA-seq Kit vs NEBNext Ultra I directional RNA-seq Kit. TPM ≥2.
Input: 1 ng, 10 ng rRNA(-) RNA from human universal total RNA (Agilent, 740000). * < 2% of total detected transcripts at this threshold is rRNA

Uniquely detected transcripts

All detected transcripts in CATS v2 mRNA-seq Kit vs NEBNext Ultra I directional library preparation Kit. No threshold has been set for the analysis.
Input: 1 ng poly(A) RNA from human universal total RNA (Agilent, 740000). 36,245 transcripts found in both libraries.



低分子RNAとCATSに関してのテクニカルレポート:

低入力RNA-seqライブラリー調製によって、より小さな非コードRNAの多様性が提供され、実習時間が大幅に短縮されます。

RNAシークエンシングを行う前に、NGSプラットフォーム用の適切なライブラリーを準備調製する必要があります。 このライブラリー準備調製は、通常はテンプレートRNAをcDNAに変換し、PCR増幅を行う前に両末端にアダプターを融合する必要があります。ライゲーションベースの方法の場合、RNAリガーゼによるアダプターの付加は、異なる鋳型配列に対するその不均一な親和性のために大きく偏っています。 さらに、これらの方法は、大量のRNA入力が必要です。

このテクニカルレポートは、ピコグラム量のRNAからすぐに配列できるNGSライブラリーを簡単に生成するための、簡潔でコストパフォーマンスに優れた、高効率な「テーリングとスイッチによる捕捉と増幅」(CATS)について説明します。

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RNA-seqライブラリーキットの選択方法

Small RNAs

(Small non-coding RNA)

Input 10 pg-10 ng

Total RNA

(Whole transcriptome)

Input 100 pg-10 ng

mRNA

(Transcriptome)

Input 100 pg-10 ng

CATS Total RNA-seq Kit v2
(with rRNA depletion module)

CATS RNA-seq Kit v2
(no polyA selection, no rRNA depletion modules)

CATS mRNA-seq Kit v2
(with polyA selection module)

CATS RNA-seq Kit v2
(no polyA selection, no rRNA depletion modules)

í注: 入力とは、単離されたsmall RNA、rRNA欠損またはポリ(A)選択されたRNA

Products

Cat. No.ProductFormatPrice
C05010043 CATS mRNA-seq Kit (with polyA selection) v2 x24
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24 rxns $1,450.00
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Diagenode’s CATS small RNA-seq Kit utilizes the innovative “Capture and Amplification by Tailing and Switching” (CATS), a ligation-free met...
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24 rxns $2,545.00

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