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Infinium Methylation EPICアレイ受託サービス

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カタログ番号
フォーマット
G02090000

Infinium MethylationEPIC アレイは、バイサルファイト処理とIllumina®技術に基づくゲノムワイドのDNAメチル化解析技術です。これは、一塩基分解能を有するゲノム全体にわたる850,000を超えるヒトCpG位置のメチル化レベルの定量的な検出を可能にします。

バイサルファイトで処理すると、メチル化されたシトシン塩基は変化しませんが、メチル化されていないシトシン塩基はウラシルに変換されます。Infinium HD配列技術は、メチル化部位と非メチル化部位に対して各々に設計された部位特異的プローブを用いて、これらの分化した遺伝子座を調べます。調べられた遺伝子座のメチル化のレベルは、メチル化部位と非メチル化部位との蛍光シグナルの比を計算することによって決定されます。

包括的なゲノムワイドカバレッジのための優れた方法

  • 高いコストパフォーマンス、結果までの時間短縮
  • CpG、非CpG、及びCHH部位におけるメチル化部位の定量解析
  • 一塩基分解能で850,000を超えるヒトCpG位置
  • 異なるメチル化部位解析
  • 徹底したバイサルファイト変換、配列交配、および解析が含まれる包括的なサービス

  • 詳細

    Infinium MethylationEPIC Array services include:

    QC of the genomic DNA

    • Measurement of DNA concentration

    End-to-end MethylationEPIC Array

    • Bisulfite conversion
    • QC of bisulfite conversion by Methylation-specific PCR (MSP) on specific regions  
    • Whole genome amplification  
    • Array hybridization
    • Single base extension  
    • Array scanner

  • バイオインフォマティック解析

    Standard files provided:

    • Sample annotation
    • Variable annotation  
    • Raw data (un-normalized β values and detection p-values)
    • Scanner output

    Additional analysis on request:  

    Differential methylation analysis:

    Identification of differentially methylated CpG between sample groups

    Provided files:

    • Report with summary of differential methylation analysis and plots
    • Files containing the differentially methylated CpGs and breakdown of those positions in regional analysis (CpG islands, shelves, shores and open sea) 
    • File containing differential methylated region (DMRs)

    Gene ontology terms analysis:

    Enrichment analysis on gene sets. Gene Ontology terms that are overrepresented in methylated CpGs may indicate the underlying biological processes involved.

    Pathway analysis:

    Identify biochemical pathways in which genes associated with methylated CpG may be overrepresented

  •  出版物

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